Genómica
Soluciones completas, desde el diseño experimental hasta el análisis estadístico y la interpretación de los resultados
La Plataforma de Genómica ofrece una amplia gama de servicios científicos a grupos de investigación, hospitales, empresas y laboratorios públicos y privados. Además colabora en proyectos de investigación científica y sirve de punto de encuentro entre el desarrollo científico del ámbito universitario y público y la demanda tecnológica del sector privado.
- Equipo experto y profesional altamente cualificado
- Tecnologías y equipamientos innovadores
- 15+ años de experiencia
- 11+ años de especialización en secuenciación masiva
- 100+ grupos de investigación atendidos cada año
- 60 000+ muestras analizadas cada año
- 350+ proyectos atendidos cada año
Servicios
Soluciones completas adecuadas a cada proyecto, desde el diseño experimental hasta el análisis estadístico y la interpretación bioinformática de los resultados obtenidos
Secuenciación masiva (NGS)
- Secuenciación de DNA: de novo / re- secuenciación / secuenciación dirigida
- Secuenciación de RNA y smallRNA: transcriptómica / expresión génica
- Metagenómica: análisis globales de poblaciones / secuenciación de amplicones 16S / ITSs / 18S
Secuenciación de célula única (single cell)
- Preparación de librerías Chromium
- Preparación de librerías Visium
PCR a tiempo real (qPCR)
- Estudios de expresión génica
- Análisis de expresión de microRNAs
- Genotipado con sondas Taqman
- Análisis estadísticos basados en software Statminer®
PCR digital (dPCR)
- Detección de mutaciones raras.
- Análisis de variación en el número de copias (CNVs)
BioAnalizador (BA)
- Análisis de RNA total o fracciones de RNA, medida de RIN
- Análisis de DNA: determinación de perfiles electroforéticos y estimación de concentraciones
Cuantificación DNA/RNA (PG-RG)
- Medida fluorimétrica (PicoGreen/ RiboGreen)
- Cuantificación de DNA basada en fluorimetría (PicoGreen)
- Cuantificación de DNA y RNA mediante espectrofotometría (nanoDrop)
Solicitudes
Publicaciones
Artículos científicos en los que ha participado la Plataforma de Genómica
| Autores | Año | Revista | Tema | |
| Wesselink et al. | 2012 | J. Bacteriol. | Secuencia genómica de Klebsiella pneumoniae OXA-48 |  |
| Singh et al. | 2013 | PLOS Genetics | Movilidad de Bacillus subtilis por conjugación plasmídica | |
| Fernández et al. | 2018 | Oncotarget | Genes relacionados con lípidos en cáncer de colon | |
| Lanza et al. | 2018 | Microbiome | Análisis del resistoma en muestras metagenómicas | |
| López-Camacho et al. | 2018 | J. Global Antimicrobial Resistance | Estructura poblacional de un brote de Klebsiella pneumoniae | |
| Bravo-Alonso et al. | 2019 | J. Clin. Medicine | Variantes genéticas asociadas a acidosis láctica | |
| Prieto-Potín et al. | 2020 | Peer J. | Validación de un panel de genes en cáncer | |
| Schoorlemmer et al. | 2020 | Epigenomics | Metilación de ADN en parto pre-término | |
| Trilla-Fuertes et al. | 2020 | Mol. Cell Proteomics | Genómica y Proteómica en carcinoma anal | |
| Trilla-Fuertes et al. | 2020 | Transl. Oncology | Visión general de mutaciones presentes en carcinoma anal | |
| Trilla-Fuertes et al. | 2021 | Sci. Reports | Variantes genéticas en pacientes de carcinoma anal tratados con Panitumumab | |
| Herreros-Villanueva et al. | 2022 | Gastroenterología y Hepatología | Mutaciones en plasma de pacientes con cáncer de páncreas | |
| Trilla-Fuertes et al. | 2023 | Int. J. Molecular Sc. | Predicción de la respuesta a terapia anti-PD1 en pacientes de carcinoma anal | |
| Trilla-Fuertes et al. | 2023 | Cancer | Biomarcador para el diagnóstico de carcinoma anal | |
| Trilla-Fuertes et al. | 2023 | Cancers | Respuesta a inhibidores de PD-1 en melanomas avanzados | |
| Autores | Año | Revista | Tema | |
| Fierro-Fernández et al. | 2015 | EMBO Reports | Supresión de fibrosis mediante miR-9-5p | |
| Doncel-Pérez et al. | 2016 | J. Immunol. | EGR2 en syndrome Gullian-Barré | |
| Herrera et al. | 2018 | Molecular Cancer | ARN exosomal no codificante en cáncer colorrectal | |
| Llorens et al. | 2018 | BMC Genomics | Patrones de expresión génica de Anisakis | |
| Alonso-Hearn et al. | 2019 | Sci. Reports | Señalización de CXCL8 en ganado infectado con Mycobacterium | |
| Fierro-Fernández et al. | 2019 | FASEB J. | Regulación de ARN mediante miR-9-5p en fibrosis renal | |
| Díaz et al. | 2020 | Int. J. Mol. Sciences | miR-7641 en vasculopatía hialinizante | |
| Llorens et al. | 2020 | Clin. Oral Invest. | Perfil de expresión de ARN en leucoplasia proliferativa | |
| Puente-Santamaría et al. | 2021 | bioRxiv | Búsqueda de patrones de transcripción en hipoxia | |
| López et al. | 2021 | Nature Genetics | Secuenciación de SARS-CoV2 en España | |
| Ruiz-Rodríguez et al. | 2021 | mBio | Identificación de mutaciones en el genoma de SARS-CoV2 | |
| Martínez-González et al. | 2022 | Pathogens | Identificación de mutaciones en SARS-CoV-2 | |
| Martínez-González et al. | 2022 | J. Clinical Investigation | Identificación de mutaciones en SARS-CoV-2 | |
| Opazo-Ríos et al. | 2022 | Frontiers | MicroARNs regulados en nefropatía diabética en ratones ob/ob | |
| Llorens-Revull et al. | 2023 | Int. J. Molecular Sc. | Métodos de análisis de microARNs en vesículas extracelulares | |
| Badia-Bringué et al. | 2024 | Sci. Reports | Regulación inmunológica por microARNs en vacas infectadas por Mycobacterium | |
| Autores | Año | Revista | Tema | |
| Sánchez-Diz et al. | 2009 | Pharmacogenics J. | Polimorfismos del gen CYP2C9 | |
| Rodriguez-Sainz et al. | 2010 | J. Clin. Virol. | Medición del c-ADN del VIH | |
| Vargas et al. | 2014 | Mol. Oncology | Síndrome metabólico en cáncer colorrectal | |
| Vargas et al. | 2015 | Oncotarget | Firma metabólica lipídica en cáncer colorrectal | |
| Rivera-Barahona et al. | 2017 | Sci. Reports | Expresión de microARNs en acidemia propiónica | |
| Miguel et al. | 2021 | Redox Biology | Expresión de microARNs en fibrosis renal | |
| Tarancón-Díez et al. | 2022 | Frontiers in Immunology | Perfiles de miRNAs en niños sometidos a tratamiento retroviral anti-VIH | |
| Rey-Serra et al. | 2023 | Life Sci. Alliance | Genes relacionados con el daño renal | |
| Autores | Año | Revista | Tema | |
| Robles-Vera et al. | 2019 | Nutrients | Impacto de la vitamina D en el microbioma | |
| Arcos et al. | 2021 | Microorganisms | Diversidad bacteriana en larvas de Anisakis L3 | |
Agradecemos que, en las publicaciones que incluyan resultados obtenidos en colaboración con la Unidad de Genómica de la Fundación Parque Científico de Madrid, se cite esta participación del siguiente modo:
Agradecimientos/Acknowledgments:
Unidad de Genómica, Fundación Parque Científico de Madrid, España
Genomics Unit, Madrid Science Park Foundation, Spain
Cuando corresponda esta participación puede expresarse como:
“Datos generados mediante procedimientos normalizados establecidos”.
When appropriate, our collaboration could be described as: “Data were generated using well-established, standardized procedures”.
Proyectos
| Nombre | Años | Entidades participantes | Tema | Financiación |
| AgroGenDetect | 2022-2024 | CSIC, Plataforma Genómica FPCM, Recerca Agrícola Syntech Research Spain S.L., Microgaia Biotech S.L. | Desarrollo de un sistema de detección temprana de patógenos capaces de infectar plantas de consumo |  |
| PanCaTest | 2022-2024 | Advanced Marker Discovery S.L., NasasBiotech S.L., CIBER, Fund. Inv. Biomédica Hosp. Univ. Ramón y Cajal, Plataforma Genómica FPCM | Desarrollo de una firma de biomarcadores en plasma útiles para el diagnóstico de cáncer de páncreas | |
Divulgación
Artículos divulgativos y materiales del Museo de Genómica del Parque
| Autores | Año | Revista | Tema | |
| Ramos-Ruiz | 2011 | Encuentros Interdisciplinares | Genómica | |
| Ramos-Ruiz | 2013 | SEBMM | Secuenciación genómica | |
| Ramos-Ruiz et al. | 2014 | Comprehensive Analytical Chemistry 64 (Elsevier) | Revisión de las tecnologías de genotipado | |
| Ramos-Ruiz et al. | 2015 | Mediterráneo Económico | La genómica en el sector agroalimentario | |
| Ramos-Ruiz et al. | 2023 | Estudios Multidisciplinares | Las capacidades ampliadas de los parques científicos: el caso de una unidad de genómica | |
| Descripción | |
| Materiales completos | |
| Panel introductorio | |
| Panel introductorio: ¿Qué tamaño tiene nuestro genoma? (material adicional vía QR) | |
| Panel introductorio: Un genoma es como un libro (material adicional vía QR) | |
| Equipo 1: ABIPRISM 3700 DNA Analyzer – el primer secuenciador totalmente automático | |
| Equipo 1: gel de poliacrilamida (material adicional vía QR) | |
| Equipo 2: ABIPRISM 7900 HT – un genoma, un millón de posibilidades | |
| Equipo 2: ¿cómo funciona la PCR? (material adicional vía QR) | |
| Equipo 2: tipos de ARN (material adicional vía QR) | |
| Equipo 3: FLX 454 – la nueva generación de la genómica | |
| Equipo 3: pirosecuenciación (material adicional vía QR) | |
| Equipo 4: GAAIIx System – un equipo que llegó para quedarse | |
| Equipo 4: secuenciación por síntesis (material adicional vía QR) | |
