La unidad de servicios científicos del PCM abre un nuevo servicio de transcriptómica espacial Stereo-seq de STOmics. El servicio, pionero en la Comunidad de Madrid y segundo a escala nacional, ha sido validado en colaboración con el Centro Nacional de Biotecnología (CNB-CSIC) y ofrece a investigadores y empresas un nivel de resolución subcelular sin precedentes para el análisis genómico.
Esta técnica permite a los investigadores superar una de las grandes limitaciones históricas de la genómica tradicional: la pérdida de información espacial al tener que disgregar los tejidos para secuenciar sus células. Gracias a la transcriptómica espacial, es posible conocer el perfil genético exacto de cada célula y, al mismo tiempo, saber dónde está ubicada y cómo interactúa con su entorno tisular.
Tecnología DNBSEQ y Stereo-seq: transcriptoma completo sin sesgos
El servicio del PCM se apoya en la tecnología de vanguardia proporcionada por el Grupo MGI y STOmics. En concreto, utiliza la aproximación STEREO-seq (SpaTial Enhanced REsolution Omics-sequencing), reconocida por la comunidad científica internacional por lograr el equilibrio óptimo entre alta resolución y análisis genómico completo.
A diferencia de otras metodologías que exigen el uso de paneles cerrados de genes o presentan una baja resolución, la tecnología implementada en el PCM utiliza matrices con una distancia nanométrica entre puntos de captura (apenas 220 nm). Al basarse en la tecnología DNBSEQ -que emplea nanobolas de ADN (DNA Nanoballs) para evitar la acumulación de errores-, el sistema captura el transcriptoma completo sin sesgos en múltiples especies, logrando una resolución verdaderamente celular y subcelular.
Flujo de trabajo integral y validación de excelencia junto al CNB-CSIC
Para garantizar la máxima robustez y fiabilidad, este servicio nace con un enfoque verdaderamente integral que abarca desde el procesamiento del tejido hasta el análisis de datos. Para ello, la Unidad de Servicios Científicos – Genómica del PCM, liderada por María José López, trabaja en estrecha colaboración con el Servicio de Histología dirigido por Lluis Montoliu y el Servicio de Microscopía dirigido por Ana Oña del CNB-CSIC.
La puesta a punto de la tecnología ha sido validada mediante un trabajo conjunto con la colaboración directa de la investigadora Paula Carballeira, del grupo de Marta Nieto. Fruto de esta validación técnica y de la optimización del flujo de trabajo conjunto, la
Unidad de Genómica del PCM, junto con los servicios de Histología y Microscopía del CNB, ha recibido la certificación oficial de STOmics y MGI para operar y ofrecer esta tecnología como servicio.
Un recurso estratégico para el ecosistema de I+D+i
Esta nueva capacidad ofrece una potente herramienta para abordar preguntas biológicas complejas en áreas como embriología, neurociencia, biología vegetal u oncología de precisión, entre otras. En este último campo, por ejemplo, facilita entender la heterogeneidad tumoral y el microambiente del cáncer.
El servicio de transcriptómica espacial ya está a disposición de todo el ecosistema de I+D+i, incluidos:
- Grupos de investigación básica y aplicada de universidades y centros de investigación;
- Hospitales, Institutos de Investigación Sanitaria y fundaciones de investigación biomédica;
- Empresas incubadas en el PCM y externas al Parque del ecosistema deep tech;
- Industria farmacéutica y biotecnológica.
Próximo seminario de presentación
Para dar a conocer los detalles de esta técnica y del nuevo servicio, el PCM organiza un seminario específico el próximo viernes 30 de octubre. En él Javier Batista, especialista DCS de MGI y representante jefe del Grupo BGI, ofrecerá todos los detalles técnicos. Además, Mª José López explicará los requerimientos y posibilidades bioinformáticas de este nuevo servicio
Más información e inscripción al seminario en: Seminario Transcriptómica Espacial STOmics
