Condalab ofreció un jugoso Learn & Brunch de NGS en el Parque el pasado 27 de mayo. En colaboración con la Unidad de Genómica del PCM, la jornada detalló las distintas soluciones de esta empresa madrileña especializada en medios de cultivo, soluciones y equipos de laboratorio con 60 años de vida.
Apoyo en el workflow paso a paso
La jornada estuvo enfocada de forma muy práctica siguiendo el flujo de trabajo (workflow) de un laboratorio paso a paso: desde la recogida de muestras hasta el procesamiento final de los datos. La primera parte corrió a cargo de Laura Fernández, jefa de producto de biología molecular y celular de la empresa.
Inicialmente Fernández detalló los posibles problemas en la toma de muestras: transporte, almacenaje en congeladores, etiquetaje, homogeneización, etc. Para solventarlos la empresa ofrece soluciones de manejo muy sencillo y no invasivo -sin formaldehído- a temperatura ambiente a través del proveedor noruego Norgen Biotek. Estas soluciones son compatibles con la mayoría de manejos de ácidos nucleicos, y su tiempo de preservación varía según el tipo de muestra -hasta 2 años en ciertos casos-.
Posteriormente abordó el aislamiento de ARN. Este proceso se realiza gracias a los kits de Norgen, que incluyen algunos específicos para célula única, tejido graso, parafina, etc. También se incluyen opciones para distintos tipos de ADN -p.ej., circulante- y para exosomas. Las soluciones de la empresa cubren tanto columnas como métodos automatizados (high- throughput). En este aspecto Condalab trabaja con los equipos de Vazyme, empresa que también acudió a la jornada con una representante. Además a lo largo de toda la intervención se fueron detallando distintos casos de estudio de grupos de investigación nacionales.
Jugoso Learn & Brunch
Tras la presentación de Fernández se pasó a un jugoso Learn & Brunch ofrecido por la propia empresa. Durante este almuerzo los más de treinta participantes pudieron resolver dudas con los especialistas y compartir ideas y prácticas de laboratorio. Una oportunidad excelente para seguir tejiendo relaciones entre la FPCM, las empresas incubadas y los grupos de investigación de los distintos centros del campus de excelencia UAM-CSIC.
Soluciones de NGS
Concluido el desayuno y networking la jornada continuó con la intervención de Javier Escalante, especialista en aplicaciones NGS de la empresa. En ella se centró en consejos y kits clave para optimizar todo el workflow de NGS, incluso con muestras complejas.
Escalante comenzó con la generación de librerías. Primero repasó la cuantificación de las muestras y después la cualificación, en la escala RIN (RNA Integrity Number -de 1 a 10-). A partir de ahí las muestras pueden clasificarse en dos categorías -normal y low/ultra-low input-, a su vez subdivididas en íntegras (RIN > 7) y degradadas (RIN < 6). Para cada uno de estos cuatro casos Escalante detalló las diferentes soluciones para los equipos más comunes (Illumina, MGI, etc.).
Para las muestras normales Condalab trabaja con Vazyme. Esta empresa tiene protocolos para cada tipo de muestra, que particularizan los protocolos genéricos. En algunos de ellos se requiere depleción del ARN ribosómico, aspecto que también explicó. Además, para ilustrar estos casos citó estudios recientes que emplean distintas estrategias de uso.
A continuación Escalante abordó las muestras con low/ultra-low input, para las que trabajan con los kits de Takara. En los casos de muy baja abundancia ofrecen técnicas flexibles, aplicables tanto a ARN total como ARN mensajero, por ejemplo. Takara también ofrece distintas opciones para célula única, algunos muy recientes, que permiten analizar muchísimas más células que otras existentes en el mercado.
Buen sabor de cierre
Por último se trataron los aspectos de enriquecimiento y las ómicas espaciales. Para lo primero Condalab trabaja con los kits de Arbor Biosciences, que se han convertido en un referente en este campo. En lo segundo, con Curio Bioscience, especializados en este área, que ofrecen una resolución real de célula única y permiten ubicarlas de forma precisa.
Para todo el workflow de NGS Condalab ofrece una guía de kits de aplicación, que se facilitó en papel en la jornada y que Escalante fue refiriendo a lo largo de su presentación.
En suma, la jornada ofreció a los asistentes un bocado de todas las soluciones que ofrece Condalab para el workflow de NGS que dejó buen regusto y que esperamos les sea de utilidad.
